Rubicon血漿游離DNA檢測試劑盒ThruPLEX Plasma-seq Kit

Rubicon Genomics成立于2000年，總部位于美國密歇根州。該公司的核心競爭力產品包括酶學、核酸化學、樣品的加工生產，該公司致力于創(chuàng)新、知識產權的發(fā)展和持續(xù)的產品開發(fā)。

Rubicon Genomics開發(fā)創(chuàng)新、高品質的、核酸文庫的制備及配套產品，ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit能夠對臨床樣本進行簡單、快速可靠和高靈敏度的分析。

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒產品說明：

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit基于ThruPLEX技術，并用于血漿來源cfDNA高品質NGS文庫構建。Rubicon血漿游離DNA檢測試劑盒ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit屬于胎兒染色體非整倍體檢測試劑盒，含有靶向基因檢測試劑，該試劑專門針對cfDNA進行優(yōu)化，在保持樣本GC代表性的基礎上，提升了文庫的信息容量。文庫構建后可用于CNV分析、全基因組測序分析或是采用一些panel針對目標區(qū)域進行捕獲富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit應用于無創(chuàng)產前基因檢測、腫瘤無創(chuàng)檢測、cfDNA血漿游離DNA檢測 。

血漿樣品采用ThruPLEX Plasma-seq試劑盒制備文庫，能有更好的靈敏度、更準確的基因變異分析結果。與其它液態(tài)活檢的樣品一樣，血漿由于其易獲得、價值高的特點，深受研究腫瘤學或者孕婦血漿中胎兒游離DNA科研工作者的重視。

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit可與以雜交為基礎的靶序列富集系統(tǒng)組合使用。

1個反應管、2小時、3步反應的簡單操作（其中手動操作只需要15分鐘），無中間純化步驟，無樣品轉移是必要的，從而防止處理錯誤和有價值樣品的損失。

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒應用：

• 胎兒染色體非整倍體檢
• 無創(chuàng)產前基因檢測
• 腫瘤無創(chuàng)檢測
• cfDNA血漿游離DNA檢測

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒訂購信息

品牌     Code No.  Takara No. 包裝量    產品名稱

Rubicon R400490     RB4490 12 Rxns  ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit

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提供產品：華雅干細胞致力于為中國干細胞領域的干細胞科學研究、臍帶血/造血干細胞/臍帶/脂肪/胎盤干細胞庫、干細胞臨床轉化醫(yī)學、干細胞美容及干細胞抗衰老、免疫細胞治療、T細胞治療、臨床干細胞治療等再生醫(yī)學和個體化治療產業(yè)鏈的相關客戶提供：MSC間充質干細胞培養(yǎng)基、iPS/ES胚胎干細胞培養(yǎng)基、血清替代物、羊水培養(yǎng)基、基底膜基質膠細胞支架、干細胞生長分化調控因子、BioMarker 流式檢測抗體、支原體檢測試劑盒、內毒素檢測試劑盒、干細胞存儲細胞凍存袋、細胞培養(yǎng)瓶、USP級DMSO二甲基亞砜細胞凍存液、細胞培養(yǎng)相關試劑耗材儀器等種類豐富的產品，以“Focus on improving the quality of Stem Cells專注干細胞研究，提升干細胞品質”為己任，我們與客戶攜手為中國干細胞產業(yè)的發(fā)展而前行。

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒產品組成

• 模板準備緩沖液（紅色）
• 模板準備酶（紅色）
• 文庫合成緩沖液（黃色）
• 文庫合成酶（黃色）
• 文庫擴增緩沖液（綠色）
• 文庫擴增酶（綠色）
• 無核酸酶水
• 索引試劑（藍色）
• 使用方法

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒原理

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit基于Rubicon Genomics的ThruPLEX技術，含有靶向基因檢測試劑。與其它基于Y型適配器連接的NGS圖書館準備工具不同，ThruPLEX使用莖環(huán)適配器在快速高效的工作流程中構建高質量的庫。在*步，模板制備時，修復無細胞DNA（cfDNA）并產生具有鈍端的分子。在下一步中，具有封閉的5'端的銜接子以高效率連接到cfDNA的5'末端，留下切口目標片段的3'末端。適配器不具有單鏈突出端并被阻止相互結合，這兩者都有助于與許多其他NGS發(fā)現(xiàn)的非特異性背景準備工作。在zui后一步中，擴增cfDNA的3'末端以完成文庫合成和光合作用索引通過高保真放大增加。任何剩余的免費適配器被銷毀。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit通過使用單管協(xié)議并消除實際操作時間和污染風險zui小化。

Rubicon血漿游離DNA檢測試劑盒ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit屬于胎兒染色體非整倍體檢測試劑盒，含有靶向基因檢測試劑，適用于無創(chuàng)產前基因檢測、腫瘤無創(chuàng)檢測、cfDNA血漿游離DNA檢測。

RB4490 血漿游離DNA檢測試劑盒工作流程：

• 模板準備有效修復輸入的無細胞DNA；
• 用于連接Rubicon Genomics的莖環(huán)適配器的文庫合成；
• 用于擴展模板的庫擴增，莖環(huán)接頭的切割以及放大文庫，還使用高保真度引入與Illumina兼容的索引，低偏差DNA聚合酶。  

圖1. ThruPLEX^® 技術概要。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

ThruPLEX Plasma-seq Kit技術3步反應即可完成針對cell free DNA的建庫工作。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的進行末端修復。通過采用莖環(huán)形接頭（無單鏈尾巴）進行高效平端連接，降低了背景。封閉的5’端阻止了接頭-接頭二聚體形成。隨后未使用的接頭被降解，進一步降低背景。高保真度擴增的方式完成以上反應，并獲得含有illumina index的文庫。

圖2. 高cfDNA文庫多樣性、更少的Unmapped Reads。ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit構建的文庫，具有高的多樣性和低的duplicates和unmapped reads。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

圖中針對0.1ng、1ng、30ng的cell-free DNA，使用ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit、A公司試劑盒和C公司試劑盒制備文庫，文庫定量采用Qubit熒光定量。Bioanalyzer測定mononucleosomal DNA在各樣品的量分別為0.09 ng、0.62 ng、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式測序，每個樣品得到約17-25 M read(PE)。每個文庫在down-sampling數(shù)據(jù)至17 M reads以后，計算Duplication rates。重復read比例以每個樣品17M計算。

ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit與其他公司試劑盒相比，針對不同input量，使用本試劑盒制備的文庫相比其他公司試劑盒制備的文庫，本試劑盒制備的文庫的多樣性（左圖）是zui高的，重復read的比例（中間圖）、unmapped read的比例（右圖）較其他公司低。通過使用本試劑盒，input量很低時也可制備得到高品質的文庫。在無創(chuàng)產前基因檢測、腫瘤無創(chuàng)檢測、cfDNA血漿游離DNA檢測等領域ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit優(yōu)于其他產品，深受胎兒染色體非整倍體檢測和腫瘤學科研工作者的重視。

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圖3. 優(yōu)異的靶向測序文庫構建能力。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

圖中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit構建的文庫通過panel進行高效捕獲，對kinome進行深度測序分析以檢測突變。分別以5 ng、6.5 ng、10 ng 3個血漿樣品為起始建庫量，三次重復。目標區(qū)域經(jīng)SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel進行捕獲，并用Illumina Miseq平臺進行測序，每個文庫約獲得5 M reads，目標堿基被成功捕獲分析。在30x覆蓋度時，平均77%的堿基被覆蓋。 

圖4. 高重復性的、無偏倚的GC覆蓋度。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

針對人類基因組，ThruPLEX Plasma-seq Kit表現(xiàn)出高再現(xiàn)性、低偏倚GC覆蓋度NGS文庫構建能力。9次獨立的血漿樣品文庫構建的實驗結果表明，ThruPLEX重復性高于其它產品。文庫的制備是利用的1 mL血漿來源cfDNA，后續(xù)采用illumina NextSeq 500進行測序。作為對比，NEBNext Ultra構建了4份獨立血漿樣品的文庫。

圖5. Karolinska協(xié)會和CRUK測試的結果。

（*以上數(shù)據(jù)來源于Karolinska 協(xié)會，瑞典）

5 ng游離cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit進行illumina文庫構建。結果表明利用Hiseq平臺進行的Low-pass WGS,每個文庫能獲得接近12.5 M reads。深受無創(chuàng)產前基因檢測、腫瘤無創(chuàng)檢測、cfDNA血漿游離DNA檢測科研工作者的重視。 

ThruPLEX® Plasma-seq Kit 胎兒染色體非整倍體檢測試劑盒

• 專為cfDNA設計：經(jīng)過優(yōu)化的修復及連接試劑
• 高品質NGS文庫：在寬廣的GC含量范圍內，可以達到高檢測再現(xiàn)性
• 起始量范圍廣：＜1 ng到30 ng cfDNA量
• 快速簡便：無需純化或樣品轉移的單管、2小時、3步操作步驟
• 應用領域：液態(tài)活檢、ctDNA、目標區(qū)域測序等領域文庫構建
• 兼容自動化平臺：Beckman® FXP Workstation
• Rubicon RB4490/R400490 ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit 血漿游離DNA測序試劑盒應用于：胎兒染色體非整倍體檢測試劑盒、無創(chuàng)產前基因檢測、腫瘤無創(chuàng)檢測、cfDNA血漿游離DNA檢測 、靶向基因檢測試劑。

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